Urodził się 23 stycznia 1876 roku w Stuttgarcie w zamożnej rodzinie kupieckiej jako drugi syn Ruperta Mayera i Emilii z domu Wörle. Po ukończeniu liceum powiedział ojcu, że chce zostać jezuitą. Ten jednak polecił mu najpierw przyjąć święcenia kapłańskie. Rupert postąpił zgodnie z wolą ojca. Studiował teologię i filozofię w aż trzech miastach: Fryburgu, Monachium i Tybindze. Do seminarium wstąpił w Rottenburgu, a kapłanem został 2 maja 1899 roku. Pracował jako wikariusz w parafii. Zakonnikiem został dopiero rok po święceniach kapłańskich – w 1900 roku wstąpił do jezuitów w Austrii. Nie mógł tego zrobić w swojej ojczyźnie, ponieważ zakon miał tam zakaz działania.
W 1912 roku osiedlił się w Monachium i mieszkańcom tego miasta poświęcił resztę swojego życia. Był duszpasterzem i opiekunem ludzi, którzy przybywali tam licznie w poszukiwaniu pracy i stawali się łatwym łupem wyzyskiwaczy. Założył wraz z dwoma kapłanami Zgromadzenie Sióstr Świętej Rodziny wspierające najuboższych, a w szczególności kobiety pracujące. Jego posługę w tym mieście przerwała I wojna światowa. Po jej wybuchu Rupert Mayer został kapelanem wojskowym i starał się być aniołem stróżem żołnierzom walczącym na froncie Polski, Francji i Rumunii. Został odznaczony najwyższym medalem niemieckiej wojskowości: Krzyżem Żelaznym pierwszego stopnia. Znany był z odwagi pozostawania wraz z żołnierzami na pierwszej linii frontu w czasie bitew. W wyniku wybuchu granatu stracił lewą nogę.
Po wojnie powrócił do Monachium i pracował tam w parafii św. Michała. Szczególną posługę pełnił, jak przed wojną, wśród najuboższych – a po wojnie znacznie ich przybyło. W tym okresie swojej posługi kapłańskiej głosił 70 kazań i konferencji miesięcznie. Wprowadził w życie nowatorski pomysł odprawiania niedzielnych Mszy Świętych na dworcu głównym w Monachium – dla wygody pasażerów. W 1919 roku poznał osobiście Hitlera i ocenił go jako „wyjątkowego mówcę i podżegacza, który nie przywiązuje zbytniej wagi do prawdy”. Niemalże natychmiast też zaangażował się w walkę z ideologią narodowo socjalistyczną. W 1923 roku w Bürgerbraukeller witany był entuzjastycznymi brawami przez tłumy oczarowane przez Hitlera. Był już wówczas znanym i szanowanym kapłanem i myślano, że zamierza przyłączyć się „do sprawy”. On jednak w pierwszych słowach przemówienia stwierdził, że nie można być jednocześnie katolikiem i nazistą. Czynił to otwarcie, narażając się na represje. Swoją niezgodę na tezy głoszone przez Hitlera wyrażał także na spotkaniach NSDAP próbując walczyć ze szkodliwymi przekonaniami w samym ich źródle.
Był główną postacią katolickiego ruchu oporu w Trzeciej Rzeszy w Monachium. Nazywano go „kulawym apostołem”, a jego sława szybko uczyniła z niego bardzo istotnego wroga dla NSDAP. Po 1933 roku i przejęciu przez nią władzy wydano Rupertowi Mayerowi zakaz głoszenia kazań. Jego jednak obowiązywało głównie posłuszeństwo wobec przełożonych zakonnych, a ci popierali jego działalność i zostawili mu wolną rękę. Zakazu więc nie posłuchał.Po raz pierwszy został na krótko aresztowany w 1937 roku, ale wykonanie kary czasowo odroczono, licząc się z jego popularnością. Na prośbę przełożonych przestał głosić kazania, ale gdy tylko posłyszał opinię Gauleitera (to tytuł nadawany przywódcy NSDAP na danym terenie), że kapłanów wystarczy postraszyć więzieniem, a zaprzestaną swej działalności wywrotowej – powrócił do głoszenia. Został ponownie aresztowany 5 stycznia 1938 roku, a rok później zesłany do obozu koncentracyjnego w Oranienburgu koło Berlina, pomimo faktu, że w tym czasie miał już 63 lata.
W 1912 roku osiedlił się w Monachium i mieszkańcom tego miasta poświęcił resztę swojego życia. Był duszpasterzem i opiekunem ludzi, którzy przybywali tam licznie w poszukiwaniu pracy i stawali się łatwym łupem wyzyskiwaczy. Założył wraz z dwoma kapłanami Zgromadzenie Sióstr Świętej Rodziny wspierające najuboższych, a w szczególności kobiety pracujące. Jego posługę w tym mieście przerwała I wojna światowa. Po jej wybuchu Rupert Mayer został kapelanem wojskowym i starał się być aniołem stróżem żołnierzom walczącym na froncie Polski, Francji i Rumunii. Został odznaczony najwyższym medalem niemieckiej wojskowości: Krzyżem Żelaznym pierwszego stopnia. Znany był z odwagi pozostawania wraz z żołnierzami na pierwszej linii frontu w czasie bitew. W wyniku wybuchu granatu stracił lewą nogę.
Po wojnie powrócił do Monachium i pracował tam w parafii św. Michała. Szczególną posługę pełnił, jak przed wojną, wśród najuboższych – a po wojnie znacznie ich przybyło. W tym okresie swojej posługi kapłańskiej głosił 70 kazań i konferencji miesięcznie. Wprowadził w życie nowatorski pomysł odprawiania niedzielnych Mszy Świętych na dworcu głównym w Monachium – dla wygody pasażerów. W 1919 roku poznał osobiście Hitlera i ocenił go jako „wyjątkowego mówcę i podżegacza, który nie przywiązuje zbytniej wagi do prawdy”. Niemalże natychmiast też zaangażował się w walkę z ideologią narodowo socjalistyczną. W 1923 roku w Bürgerbraukeller witany był entuzjastycznymi brawami przez tłumy oczarowane przez Hitlera. Był już wówczas znanym i szanowanym kapłanem i myślano, że zamierza przyłączyć się „do sprawy”. On jednak w pierwszych słowach przemówienia stwierdził, że nie można być jednocześnie katolikiem i nazistą. Czynił to otwarcie, narażając się na represje. Swoją niezgodę na tezy głoszone przez Hitlera wyrażał także na spotkaniach NSDAP próbując walczyć ze szkodliwymi przekonaniami w samym ich źródle.
Był główną postacią katolickiego ruchu oporu w Trzeciej Rzeszy w Monachium. Nazywano go „kulawym apostołem”, a jego sława szybko uczyniła z niego bardzo istotnego wroga dla NSDAP. Po 1933 roku i przejęciu przez nią władzy wydano Rupertowi Mayerowi zakaz głoszenia kazań. Jego jednak obowiązywało głównie posłuszeństwo wobec przełożonych zakonnych, a ci popierali jego działalność i zostawili mu wolną rękę. Zakazu więc nie posłuchał.Po raz pierwszy został na krótko aresztowany w 1937 roku, ale wykonanie kary czasowo odroczono, licząc się z jego popularnością. Na prośbę przełożonych przestał głosić kazania, ale gdy tylko posłyszał opinię Gauleitera (to tytuł nadawany przywódcy NSDAP na danym terenie), że kapłanów wystarczy postraszyć więzieniem, a zaprzestaną swej działalności wywrotowej – powrócił do głoszenia. Został ponownie aresztowany 5 stycznia 1938 roku, a rok później zesłany do obozu koncentracyjnego w Oranienburgu koło Berlina, pomimo faktu, że w tym czasie miał już 63 lata.
Hitlerowcy wiedzieli jednak, że zanim zabiją jego, muszą zabić jego sławę. Kiedy więc stan zdrowia Ruperta Mayera gwałtownie się pogorszył na skutek obozowych warunków życia – wypuścili go i internowali w benedyktyńskim opactwie w Ettal. W ten sposób przynajmniej uniknęli jego rozsławienia jako męczennika. Z kolei on sam pozostał z bolesną świadomością, że wielu jego rodaków, niemających aż tak sławnego imienia, umiera w obozach, podczas gdy on jest bezradny. W 1945 roku amerykańskie wojska odbiły klasztor z rąk hitlerowskich, a Rupert Mayer korzystając z odzyskanej wolności powrócił do Monachium do działalności duszpasterskiej. Starał się w niej przekonać ludzi, by nie sądzili siebie nawzajem i żyli w pokoju.
Niedługo jednak przyszło mu głosić przebaczenie. Umarł podczas celebracji Eucharystii w dniu Wszystkich Świętych 1945 roku. Jest autorem znanych aforyzmów, między innymi tego: „Wszystko tak szybko przemija i nim się spostrzeżemy, dobiliśmy już do kresu życia”. Bezpośrednią przyczyną jego śmierci był atak serca. Został beatyfikowany przez Jana Pawła II 3 maja 1987 roku. Szkoła jego imienia znajduje się w Pullach koło Monachium przy ul. Pater Rupert Mayer. Początkowo w tej samej miejscowości, przy tej samej ulicy, znajdowały się jego ziemskie szczątki. Później jednak, z uwagi na duży ruch pielgrzymów, przeniesiono je do Monachium.
W Bawarii wiele ulic nosi imię Ruperta Mayera. Podobnie jeśli chodzi o szkoły i kaplice. Działająca w Polsce fundacja jego imienia pomaga sierotom i dzieciom w trudnej sytuacji społecznej.
Niedługo jednak przyszło mu głosić przebaczenie. Umarł podczas celebracji Eucharystii w dniu Wszystkich Świętych 1945 roku. Jest autorem znanych aforyzmów, między innymi tego: „Wszystko tak szybko przemija i nim się spostrzeżemy, dobiliśmy już do kresu życia”. Bezpośrednią przyczyną jego śmierci był atak serca. Został beatyfikowany przez Jana Pawła II 3 maja 1987 roku. Szkoła jego imienia znajduje się w Pullach koło Monachium przy ul. Pater Rupert Mayer. Początkowo w tej samej miejscowości, przy tej samej ulicy, znajdowały się jego ziemskie szczątki. Później jednak, z uwagi na duży ruch pielgrzymów, przeniesiono je do Monachium.
W Bawarii wiele ulic nosi imię Ruperta Mayera. Podobnie jeśli chodzi o szkoły i kaplice. Działająca w Polsce fundacja jego imienia pomaga sierotom i dzieciom w trudnej sytuacji społecznej.
