Chłopiec przeżył w domu opiekuna kilkanaście lat. Przybrani rodzice tak pokochali młodzieńca, że chcieli go uczynić spadkobiercą swojego majątku i zamierzali mu oddać za żonę swoją jedyną córkę. Mając dwadzieścia kilka lat Jan opuścił dom opiekunów. Zaciągnął się do wojska. Zaczęło się typowe życie najemnego żołnierza: włóczęga, zawadiactwo, kieliszek, dziewczęta. Jan był zbyt uczciwy i religijny, by pozwalać sobie na wszystkie wybryki. Niemniej życie jego było w tym okresie bardzo dalekie od doskonałości chrześcijańskiej.
Jan powrócił do Oropesy. Opiekun przyjął go serdecznie, ale i teraz Jan nie zagrzał tu długo miejsca. Wybuchła wojna na wschodzie Europy. Jan ponownie zgłosił się do wojska. Po zawarciu pokoju przez obie strony Jan powrócił, jednak już nie do swojego opiekuna, ale w rodzinne strony. Tu dowiedział się o losie swoich rodziców. Uczyniło to na nim ogromne wrażenie. Z wielką skruchą odbył spowiedź z całego życia i udał się z pielgrzymką do Compostelli, do grobu św. Jakuba Apostoła. Pchany żarliwością o zbawienie duszy i chęcią poniesienia męczeńskiej śmierci udał się do Afryki, gdzie naprzeciw Gibraltaru była portugalska twierdza Ceuta. Przez kilka lat pracował tu ciężko przy fortyfikacji Ceuty, wspierając równocześnie pewnego szlachcica, skazanego przez króla na banicję w te strony wraz z rodziną (1533-1535). Okazji jednak do męczeństwa nie było. Arabowie nie byli też skłonni do przyjęcia wiary Chrystusa. Jan wrócił więc do Hiszpanii i przez krótki czas pracował w Gibraltarze. Za zaoszczędzone pieniądze kupił pobożne książki i założył małą księgarnię, by w ten sposób propagować dobrą prasę (1535-1536). Stąd udał się do Grenady. Założył tu księgarnię książek i obrazów religijnych (1538).
20 stycznia 1538 r. odbywał się w Grenadzie odpust ku czci św. Sebastiana. Przybyło mnóstwo ludzi. Kazanie głosił słynny kaznodzieja, św. Jan z Avili. Kazanie wywarło na Janie wrażenie piorunujące. Ogarnął go ból za stracone dla wieczności lata. Wydał głośny jęk, rzucił się na ziemię, zaczął targać włosy i ubranie na sobie. Drapał sobie twarz, wołając: „Boże! Miłosierdzia!”. W takim też stanie wybiegł na ulicę. Otoczenie myślało, że postradał zmysły. Kilkunastu ludzi pobiegło za nim i rzuciło się na niego jako na szaleńca; związano go, wychłostano dotkliwie i zamknięto w domu dla obłąkanych. Dla Jana zaczęły się dni straszliwej katorgi fizycznej i duchowej. Metoda ówczesnego leczenia tego rodzaju zaburzeń psychicznych polegała bowiem na zamknięciu pacjenta w wilgotnym i zimnym lochu. Przykutego do ściany łańcuchem, bito do utraty przytomności i sił. Tak obchodzono się z Janem przez 40 dni. Jednak ku zdumieniu oprawców Jan nie tylko się nie bronił, ale zachęcał ich jeszcze: „Bijcie, bijcie to przeniewiercze ciało! Niech ponosi karę za swoje winy!” Stawał jednocześnie bardzo stanowczo w obronie swoich towarzyszy. Kiedy więc wypuszczono go na wolność, zaczął usługiwać nieszczęśliwym, by chociaż w części złagodzić ich dolę.
Szybko Jan przekonał się, że sam niewiele zdziała. Za użebrane pieniądze zakupił własny dom, w którym mógł postawić 47 łóżek. W miarę napływu ofiar powiększał szpital i lepiej go zaopatrywał, by chorzy mieli jak największe wygody. Szczególną troską otaczał psychicznie chorych, których traktował z wielką łagodnością i dla których przeznaczył wydzieloną część szpitala. Sam każdego dnia odwiedzał swoich podopiecznych, chorych i ubogich, przewiązywał ich rany, pocieszał, leczył. Nie mniejszą troskliwość okazywał o potrzeby duchowe swoich podopiecznych, zapraszając kapłanów w każdą niedzielę ze Mszą świętą i kazaniem, a nawet z codzienną Komunią świętą. W ciągu dnia przewidział czas na wspólne modlitwy – poranne i wieczorne. Dla uniknięcia zarazy podzielił swój szpital na sektory. Za poradą św. Jana z Avili w szpitalu leczyli się wyłącznie mężczyźni. Na parterze były miejsca przeznaczone dla bezdomnych i ubogich wędrowców.
Troska o leki, bieliznę, bandaże, łóżka, opłata służby i wyżywienie całej załogi wymagało od Świętego heroicznego poświęcenia. Codziennie udawał się na miasto i na umówionym placu zbierał żywność i ofiary pieniężne. Najczęściej one nie wystarczały. Wtedy udawał się do domów możnych, błagając o pomoc tymi znamiennymi słowy: „Pomóżcie sobie, wspomagając ubogich i chorych, bowiem błogosławieni miłosierni, albowiem oni miłosierdzia dostąpią”. Kiedy wyczerpał już wszystkie środki i zadłużył się, udał się do miasta Valladolid, gdzie był wtedy dwór królewski. Nie zawiódł się, dostał szczodry zasiłek od najprzedniejszych pań i panów dworu.
W swojej żarliwości apostolskiej nie zapomniał o kobietach. Zajął się losem kobiet upadłych. Nawiedzał je osobiście i błagał o zmianę życia. Starał się o uczciwe zabezpieczenie ich losu, by nie musiały utrzymywać się z nierządu. Staruszki i samotne wdowy polecał poszczególnym rodzinom pod opiekę. Niemniej czuły był na los sierot, których wówczas nie brakowało, powierzając je rodzinom, które zapewniały im bezpieczny los. Wszyscy, którzy pomagali Janowi, zarówno kapłani, jak i świeccy (także lekarze), za swoją posługę nie żądali zapłaty.
Jan wiedział jednak, że ciężaru, który na siebie nałożył, sam nie udźwignie. Nadto trapiła go troska o przyszłość dzieła. Zebrał więc koło siebie gromadkę podobnych szaleńców Bożych i tak założył nową rodzinę zakonną dla obsługi chorych i opuszczonych. Tak powstał zakon Braci Miłosierdzia, zwany u nas bonifratrami. Założycielowi zaś nadał miejscowy arcybiskup przydomek „Jana Bożego” i takim go znamy.
Zmarł na klęczkach 8 marca 1550 r. w wieku 55 lat. W poczet błogosławionych zaliczył Jana papież Urban VIII w 1630 roku, a papież Aleksander VIII wpisał jego imię do katalogu świętych (1690). Papież Leon XIII ogłosił św. Jana Bożego wraz ze św. Kamilem de Lellis patronem szpitali i chorych (1886). Papież Pius XI wyznaczył go na patrona pielęgniarzy i służby zdrowia. Relikwie Świętego znajdują się w kościele zakonu w Grenadzie. Jest ponadto patronem Grenady i księgarzy.
W ikonografii przedstawiany jest w prostym habicie bonifratra. W ręku trzyma przekrojony owoc granatu, z którego wyrasta krzyż. Jego atrybutami są: cierniowa korona, żebrak na plecach, żebrak u stóp.
