Kościół bonifratrów pod wezwaniem Świętej Trójcy należy do najpiękniejszych budowli barokowych Krakowa.
Budowę świątyni rozpoczęto dopiero w 1741 r., dzięki finansowemu wsparciu Heleny z Potockich Morsztynowej, wojewodziny inflanckiej. Kamień węgielny poświęcił biskup krakowski, kardynał Jan Aleksander Lipski.
Wkrótce prace przerwano z nieznanych powodów. Zostały wznowione w 1751 r., tym razem dzięki darowiźnie Zygmunta Linowskiego, starosty lipnickiego i kasztelana łęczyckiego. Rok później kanonik krakowski Mikołaj Lipski ponownie poświęcił kamień węgielny i tym razem prace ruszyły raźniej. Budową kierował majster murarski Jakub Kłapiński. Wnętrze ozdobiono iluzjonistyczną polichromią pędzla Józefa Piltza z Holochovia na Morawach oraz takimiż, iluzjonistycznie malowanymi, ołtarzami. Dekoracje stiukowe natomiast wykonali bracia zakonni.
W 1758 r. prace ukończono. „Wykończony kościół poświęcił dn. 12 listopada 1758 r. [biskup] Franciszek Potkański w przytomności Andrzeja Załuskiego biskupa krakowskiego i architekta kościoła Placidi oraz przeora Stanisława Oborskiego" czytamy w odpisie protokołu, sporządzonym przez Żegotę Paulego. Zaś „kurytarz, cele, kuchnię, zakrystię i chór z tyłu kościoła wykończono 1765" czytamy dalej. W listopadzie tego roku kryty gontem dach kościoła padł pastwą pożaru, który wypalił też okna, przez co sczerniała polichromia. Pokryto zatem gmach dachówką i odnowiono polichromię. „Refektarz oraz zakrystię około 1766 malował braciszek laik zakonny Józef od św. Teresy Brechtl" – notuje protokół. Brat ten jest także autorem obrazów i fresków w innych kościołach trynitarskich na Kresach.
Biografia architekta Franciszka Placidiego jest zwięzła, bowiem wiadomości o jego życiu są bardzo skąpe. Urodził się ok. 1710-1715 r. w Rzymie, gdzie studiował. Około roku 1738 przybył do Drezna, gdzie został „konduktorem" czyli kierownikiem budowy kościoła dworskiego. Nawiązał kontakty z polskimi dygnitarzami i arystokracją, zyskując wiele poważnych zamówień realizowanych w Polsce. Głównym jego protektorem był biskup chełmiński Andrzej Stanisław Kostka Załuski, polecający go kardynałowi Janowi Lipskiemu, biskupowi krakowskiemu i innym możnym panom. Począwszy od roku 1742 artysta przebywał prawie stale w Krakowie, został architektem biskupa krakowskiego kard. Jana Lipskiego, a potem jego następcy Andrzeja St. Załuskiego. Ożenił się z Katarzyną Zucchi, córką znanego architekta i malarza rodem z Wenecji. Owdowiawszy w r. 1756 ożenił się wkrótce z Zofią Radwańską, córką znanego malarza krakowskiego Andrzeja, z którym łączyła go dłuższa przyjaźń i wspólne interesy. Około r. 1756 uzyskał szlachectwo (saskie). Pracował głównie w Małopolsce. Po śmierci swych protektorów biskupa Załuskiego i archiprezbitera Jacka Łopackiego, zyskał nowego w osobie Antoniego Ostrowskiego, biskupa kujawskiego, a potem prymasa. W 1760 r. uzyskał na Uniwersytecie Krakowskim stopień i uprawnienia geometry przysięgłego. Po zgonie Augusta III przeszedł na służbę króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, dla którego zbudował pałac myśliwski w Kozienicach. W trakcie tych prac zmarł w 1782 r.
Placidi był artystą bardzo czynnym. Nie sposób wymienić wszystkich jego dzieł, trzeba się więc ograniczyć do niektórych krakowskich. Na początku warto wspomnieć o jego pracach dla katedry na Wawelu. Był twórcą tamtejszej kaplicy Lipskich i kaplicy Załuskich, chóru muzycznego, pomników królewskich Michała Korybuta Wiśniowieckiego i Jana Sobieskiego, wielu ołtarzy katedralnych, projektu kaplicy Saskiej przy tejże katedrze. Do innych ważnych jego krakowskich dokonań należy zaliczyć: skrzydło klasztoru bernardynek, domy przy ul. Brackiej 12 i św. Jana 20, kruchtę przy kościele Mariackim, fasadę kościoła pijarów. Jego projektu są też liczne sygnaturki kościołów: św. Barbary, Bożego Ciała, Mariackiego, św. Andrzeja, św. Mikołaja, fran epitafiów i portali zdobiących krakowskie świątynie.
Artysta ten jest twórcą zarówno monumentalnej architektury, jak i małych form. Przybył z Rzymu i tradycji rzymskiego baroku pozostał wierny. Stosował również elementy rokokowe, wyniesione ze środowiska drezdeńskiego, czasem francuskie (w rzutach pałaców), ale pozostał architektem barokowym. Jemu w dużym stopniu zawdzięcza Kraków „rzymską" atmosferę. Sztuka włoska kształtowała obraz miasta od XVI w., Placidi kontynuował tę tradycję w sposób dojrzały i wybitny. Przykładem najlepszym jest właśnie kościół bonifratrów.
Jego fasada, wkomponowana między elewacje klasztoru i sąsiedniej kamienicy, wyróżnia się wertykalizmem i malowniczością, w duchu późnego baroku Borrominiego. Pnie się w górę niby wieża, co zostało podkreślone zarówno przez pionowe podziały architektoniczne jak i przez, coraz lżejsze na każdej kondygnacji, elementy tektoniczne. Najniższa kondygnacja, najszersza, podzielona jest pilastrami na trzy części, z których środkową ujmują ukośnie występujące filary, opięte zdwojonymi pilastrami. Dzięki temu architekt uzyskał efekt jej cofnięcia, podkreślony dodatkowo jakby wylewającymi się na ulicę półkolistymi schodami oraz cieniem, rzucanym przez wystające filary. Taki cień rzuca także wydatny gzyms zamykający tę kondygnację. Z cienia wynurzają się jasne stiuki nad portalem zewnętrznym, przedstawiające rokokowy kartusz z godłem bonifratrów i wewnętrznym, z wyobrażeniem Trójcy Świętej. Kondygnacja średnia ujęta jest także ukośnymi, opilastrowanymi filarami, ujmującymi wielkie okno zamknięte półkoliście i zwieńczona attyką. Gzyms tej kondygnacji wygina się półkoliście ponad oknem, podobnie gzyms attyki. Boki ujęte są spływami o dynamicznej linii, spływającymi do małych cokołów zwieńczonych kulami. Kondygnacja ta wydaje się być nieco cofnięta, co uzyskano przez umieszczenie segmentów przyczółka przed filarami. Owo ukośne ustawienie filarów, przypominające kulisy, optycznie poszerza fasadę, podczas gdy linia spływów uwysmukla ją. Ta barokowa gra przeciwieństw, możliwa dzięki mistrzowskiemu operowaniu formą, wzmaga niebywale plastykę fasady. Najwyższa kondygnacja, węższa i wyższa od środkowej, jest wręcz ażurowa, dzięki ustawieniu w narożnikach kolumn i wielkiemu, półkolistemu oknu wypełniające urozmaiconym, żywym konturem ujmującym bok ulicy. Że tak jest, boku fasady) oraz to, że elewacje tej kondygnacji opracowano architektonicznie tylko od północy" opisuje Józef Lepiarczyk. Natomiast kiedy stanie się na wprost, fasada rozszerza się, zapraszając do wnętrza arkadą przedsionka. Owa zmienność, kulisowe rozchylanie filarów, zaskakujące ugięcie w głąb części środkowej dają wrażenie płynności, lekkości, swobody, niezwykle malowniczego falowania jakby ściskanych płaszczyzn.
A efekty te wzbogacone są jeszcze grą światła i cienia, uwypuklającą architektoniczne podziały i tektonikę fasady, a zarazem czyniącą z niej wręcz 
piękną, monumentalną rzeźbę. Placidi znakomicie zastosował wszystkie te chwyty, dając dowód piękniejszych w Polsce.mu całą płaszczyznę. A jest ona wklęsła, łącznie z przyczółkiem, boki zaś, z eliptycznymi oknami, ma lekko wybrzuszone. Można odnieść wrażenie, że jest to ażurowa altana wieńcząca fasadę. Przy czym należy pamiętać, że fasadę, podobnie jak kościoła św. Anny, ogląda się w dużym skrócie perspektywicznym. „Tym tylko tłumaczy się […] ukośne, kulisowe ustawienie opilastrowanych filarów pierwszej i drugiej kondygnacji, dalej motyw odwróconych segmentów przyczółka nad gzymsem dolnym oraz uskokowe cofanie się pięter i wreszcie ugięcie pól środkowych w głąb. Wszystko to jest obliczone na zwrócenie uwagi widza idącego ulicą od strony Wolnicy, dla którego fasada rysuje się świadczy także mała campanila (wieńcząca pierwszą kondygnację wielkiego mistrzostwa. Dzięki temu fasada kościoła jest jedną z najpiękniejszych w Polsce.
Wnętrze nie jest równie wspaniałe jak fasada, ale wzbogacone sztukateriami i polichromią, jednolite stylowo, urzeka późnobarokowym wdziękiem. Jest to budowla jednonawowa. Nawy boczne zredukowano do rzędu kaplic, otwartych całą szerokością i wysokością do nawy, połączonych smukłymi przejściami. Wnętrze nawy podzielone jest na trzy przęsła pilastrami ustawionymi na cokołach,
dźwigającymi belkowanie i gzyms. Architekturę uzupełniają stiuki, wykonane przez braci zakonnych w 1758 r. Kompozytowe kapitele pilastrów zdobione są motywami rocaille, zaś archiwolty arkad, obok tych motywów dekorowane są też gałązkami kwiatów i liśćmi palmowymi, a w prezbiterium także główkami aniołków i gałązkami oliwnymi. Ich postrzępiona, kapryśna linia, podkreślona delikatnym złoceniem, dodaje architekturze lekkości i wdzięku właściwego stylowi rokoka.
Tak ukształtowane wnętrze ozdobiono w latach 1757-1758 iluzjonistyczną polichromią, wykonaną przez Józefa Piltza, przy pomocy braci zakonnych. Wraz z polichromią kaplic i malowanymi iluzjonistycznie ołtarzami tworzy ona jednolite dzieło o bogatym programie, poświęconym wezwaniu kościoła, działalności trynitarzy i kultowi Niepokalanej. Niegdyś wszystkie ołtarze były wykonane techniką polichromii łącznie z głównym. Dzisiaj ołtarz główny jest drewniany, malowany, ustawiony w latach 40. XX w.
„Kościół ten w pięknym guście jest w marmurek różowy i ciemny malowany" – stwierdza inwentarz, co w dzisiejszym języku nazywamy marmoryzacją. W ten sposób ozdobiono pilastry i ściany kaplic, zaś podłucza arkad malowanymi kasetonami z rozetami. Pilastry ożywione są malowanymi w kolorze złotym zacheuszkami. Mają one kształt rokokowych kartuszy, w których umieszczono herb bonifratrów. Jedynie na kartuszach w prezbiterium umieszczono herb trynitarzy. Kapitele kolumn i dekoracje stiukowe arkad są złocone metalem.
Wejście do kościoła prowadzi przez półkoliście zamkniętą arkadę, nad którą znajduje się płaskorzeźbiony w stiuku, bogato dekorowany, rokokowy kartusz, kontrastujący bielą z szarą fasadą. Podtrzymywany jest przez dwa, unoszące się na obłoczkach, aniołki, a przedstawia godło bonifratrów. Arkada zamknięta jest kutą kratą, wykonaną na pocz. XX w. przez firmę Józefa Goreckiego. Arkada otwiera przedsionek, nad którego portalem umieszczono dekorację stiukową, wyobrażającą Trójcę Św. w otoczeniu główek aniołków. Na obłokach siedzą Bóg Ojciec wsparty o kulę reprezentującą świat oraz Chrystus trzymający krzyż. Nad nimi unosi się w złoconych promieniach gołębica – symbol Ducha Świętego. Po prawej stronie, na pilastrze wmurowana jest pamiątkowa kula armatnia, na ścianie zaś obok drzwi, dwie tablice epitafijne z czarnego marmuru poświęcone pamięci Apolonii Brilskiey (zm.1773 r.) oraz Franciszka Nowakoskiego (zm. 1772 r.).
Zwiedzanie kościoła zaczynamy od kaplic przy ścianie północnej (po lewej stronie od wejścia).
Wszystkie kaplice boczne pokryte są iluzjonistyczną polichromią. Na sklepieniach tworzą ją ornamenty z przeplatających się gałązek, symetrycznie po obu stronach umieszczonej pośrodku rozety. Zaś na gurtach sklepienia i arkad malowane en grisaille ornamenty wstęgowe i rozety. W płycinach u podstawy sklepień są podobnie malowane rokokowe wazony z kwiatami i owocami, na przemian z wazonami, pełnymi barwnych kwiatów, których układaniem w bukiety bawią się wdzięczne, nagie amorki. Na ścianach kaplic iluzjonistycznie malowane ołtarze dwukondygnacyjne, składające się z ustawionej na tle pilastrów pary kolumn korynckich. Stoją one na cokołach dźwigając belkowanie z narożnikami segmentowego przyczółka. Między nimi znajduje się zwieńczenie o lekko wgiętych bokach ujętych dzwoneczkami i falistym gzymsie spiętym muszlą. Tworzy ono drugą kondygnację. W zwieńczeniu owalny obraz w dekoracyjnym obramieniu, naśladującym ramę obrazu, z motywem dzwonków. Ołtarze, identyczne we wszystkich kaplicach, różnią się tylko obrazami umieszczonymi w nastawie i zwieńczeniu. Podobnie identyczne są pseudorokokowe mensy ołtarzy, wykonane współcześnie.
Kaplica Świętej Heleny
W ołtarzu umieszczono obraz św. Heleny, zapewne z 2 poł. XVIII w. Obraz przedstawia świętą w całej postaci, w stroju cesarskim, z koroną na głowie. Rozchylony płaszcz podbity gronostajami, z szerokim gronostajowym kołnierzem, ukazuje suknię w kolorze różowym, który dominuje w obrazie. Święta trzyma odnaleziony przez siebie Krzyż, na którym poniósł śmierć Jezus. W tym aspekcie jest przede wszystkim narzędziem Męki Pańskiej, ale symbolizuje też drzewo życia oraz zmartwychwstanie. W zwieńczeniu ołtarza wizerunek św. Jana Nepomucena, który kontempluje trzymany w ręku krucyfiks. Na filarze widzimy tablicę z jasnego marmuru, ze złotym tekstem w języku łacińskim informującą, że 12 listopada 1758 r. biskup Franciszek Potkański, sufragan krakowski, poświęcił ołtarz św. Kajetana i relikwie tam się znajdujące: św. Teodora i św. Blandy. Jeśli ktoś z wiernych, w dniu poświęcenia, w 3 niedzielę listopada nawiedzi ten ołtarz, otrzyma 40 dni odpustu.
Kaplica Świętej Rodziny
W ołtarzu umieszczono obraz Św. Rodziny z 3 ćwierci XVIII w. Widzimy więc – inaczej niż zazwyczaj – św. Józefa trzymającego Dzieciątko, które bawi się, szarpiąc mu brodę i Marię, podtrzymującą dziecku główkę. U ich stóp przysiadł na obłoczku aniołek, trzymając książkę, atrybut Najświętszej Maryi Panny. Przed nim leży kwiat białej lilii, symbol czystości i niepokalanego poczęcia Bożej Rodzicielki. Święta Rodzina przedstawiona jest we wnętrzu, czego możemy się domyślać widząc okno i poprzez nie liściaste drzewa. Bo wszystko przesłonięte jest kłębiącymi się obłokami, nawet bohaterowie sceny zdają się unosić, co zostało uzyskane dzięki spiralnej kompozycji. To niebieski spektakl, ukazany zza odsuniętej kotary, której draperie widoczne są z lewej strony. Zza niej biją promienie światła rozświetlające scenę, niby teatralnym reflektorem. Złotym blaskiem rozjaśniają chmury, ukazując skrzydlate putta w górze.W zwieńczeniu ołtarza przedstawienie św. Katarzyny Alekandryjskiej (z atrybutem: kołem, na którym była łamana). Święta ta jest jedną z patronek trynitarzy. Na wsporniku przy filarze ustawiona współczesna figura Świętego Józefa z Dzieciątkiem.
W nastawie ołtarza malowany na tynku zielony baldachim z dekoracyjnym lambrekinem i ozdobnym złotym zwieńczeniem. Podwieszone na boki kotary, przewiązane złotym sznurem, ukazują brunatno-fioletową podszewkę, która jest tłem dla zawieszonego w ołtarzu obrazu Matki Boskiej z Dzieciątkiem, w typie Passawskiej z 1 poł. XVIII w. Obraz, mocno później przemalowany, został ofiarowany przez Helenę z Potockich Morsztynową, wojewodzinę inflancką. Posiada sukienkę zrobioną z papier-mâché, wytłaczaną i malowaną w kwiaty. Jest ona z pewnością dziełem przeciętnego rzemieślnika i prezentuje bardziej dewocję niż poziom artystyczny, ma jednakże swojego rodzaju ludowo-sarmacki wdzięk. W zwieńczeniu ołtarza wizerunek św. Pawła (silnie przemalowany) wspierającego się lewą ręką na otwartej księdze, w prawej trzymającego miecz. Przy filarze na wsporniku ustawiona współczesna figura św. Antoniego Padewskiego z Dzieciątkiem. Przejście do następnego pomieszczenia ma z prawej strony drzwi prowadzące do schodów na ambonę, z lewej wnękę z malowaną en grisaille muszlą. We wnęce umieszczona jest rzeźba z 1943 r. sygnowana przez Wojciecha Maciejowskiego. Drewniana, pomalowana jednolitym jasnym kolorem rzeźba przedstawia Najświętszą Marię Pannę.Pomieszczenie to usytuowane na osi kaplic, prowadzi do zakrystii. Zawieszono tutaj dwa obrazy. Pierwszy, namalowany w 1982 r. przez A. Suzina, przedstawiający św. Ryszarda Pampuri. Drugi obraz, pochodzący z XVII w. wyobraża św. Urszulę. Obraz ten jest cenną pamiątką dla bonifratrów, albowiem pochodzi prawdopodobnie z ich pierwszego krakowskiego kościoła. Zwykle św. Urszula przedstawiana jest w królewskim płaszczu, pod którym skrywa swe towarzyszki męczeństwa, ze sztandarem w jednej i strzałami w drugiej ręce. Tak też przedstawiona jest na omawianym obrazie. Nie osłania jednak nikogo płaszczem, natomiast w tle widać fale morza i unoszące się na nich statki. Nad głową świętej unosi się anioł, trzymający palmę męczeńską. Pod ścianą stoją stalle z połowy XX w. Ich przedpiersia dekorowane są malowaną imitacją intarsji w stylu regencji.Opisywane pomieszczenie na-kryte jest owalną kopułą. Polichromia kopuły przedstawia symboliczne wyobrażenie „Pietas" (Miłosierdzia) w postaci kobiety, unoszącej się wśród obłoków, z rozwianym nad głową płaszczem. W prawej ręce, wspartej o kapitel kolumny, trzyma szkatułkę, w lewej trybularz w kształcie ku-li. Kadzielnica jest symbolem pobożności i ofiary błagalnej, ale też nadziei i nieustannej modlitwy, umacniającej w wierze. Zamknięta szkatułka może oznaczać oszczędność. Wyobrażenie „Pietas", odnosi się zarówno do podstawy działalności zakonu – płynącego z głębokiej wiary miłosierdzia wobec bliżnich – jak i do cnót wymaganych od zakonników w ich dziele. Obramienie fresku tworzą ornamenty składające się z roślin i muszli. W górnej części ścian umieszczono okna – dwa autentyczne, trzecie zaś malowane, z białą, rozsuniętą zasłoną. 
Tak dochodzimy do prezbiterium, do okazałego ołtarza głównego, pseudobarokowego, wykonanego przy końcu lat 30. i na początku 40. XX w. Przesłonił on wcześniejszy, malowany iluzjonistycznie na ścianie prezbiterium. Jego zwieńczenie, dochodzące do samego sklepienia, widoczne jest zza obecnego ołtarza. Architektoniczna nastawa ołtarza dzieli się na dwie kondygnacje. Dolna podzielona jest kolumnami na trzy pola: w środkowym umieszczono w bogatych ramach figurę Chrystusa Nazareńskiego, w bocznych figury św. Jana Bożego i św. Jana Grande. Górną kondygnację ołtarza tworzy zwieńczenie, na którym wyobrażono Trójcę Świętą, po bokach ujęte jest wielkimi liśćmi akantu, spływającymi niby woluty, na ich skrajach umieszczono figury aniołów. Całości dopełnia pseudorokokowe tabernakulum oraz dwa postumenty z figurami aniołów trzymających świeczniki, flankujące ołtarz z obu stron. Figury ołtarza rzeźbione przez Wojciecha Maciejowskiego są wyraziste. Mają dobre proporcje, są ładne i żywe w gestach, a nie przesadne w ruchu. Rzeźbione dużymi płaszczyznami, o ostrych kantach, cechują się dążeniem do syntetycznej formy. 
Figura Chrystusa Nazareńskiego pochodzi z poł. XVIII w., ale ok. 1940 r. została gruntownie przerobiona przez W. Maciejowskiego. Ciekawa jest historia rzeźby. Otóż wśród trynitarzy bosych szczególnego znaczenia nabrał kult Jezusa Nazareńskiego Wykupionego. Przejawiał się on w czczeniu figur, przedstawiających Jezusa w całej postaci, z koroną cierniową na głowie, z rękami związanymi sznurem, z trynitarskim szkaplerzem. Takie przedstawienie, zbliżone do typu Ecce Homo, wiązało się z wydarzeniem, jakie miało miejsce w 1682 r., kiedy to trynitarze wykupili z rąk Maurów taką właśnie figurę procesyjną, przybrali w szkaplerz i wystawili w swoim kościele w Madrycie. Pierwszą figurę Jezusa Nazareńskiego ufundował dla krakowskich trynitarzy Andrzej Rynth. Po konsekracji nowo wzniesionego kościoła, nową figurę poświęcił w Rzymie papież Klemens XIII. W jej głowie złożono relikwie: Krzyża Świętego, bł. Władysława z Gielniowa i św. Józefa Kalasantego. W uroczystej procesji przeniesiono ją 9 czerwca 1759 r. z kościoła misjonarzy na Stradomiu do kościoła trynitarzy i ustawiono w ołtarzu głównym. W rok później powołano przy kościele Bractwo Jezusa Nazareńskiego. Warto jeszcze zwrócić uwagę na rokokowe drewniane świeczniki ołtarzowe z ok. 1770 r. Składają się z wygiętych, ozdobionych rocaille'ami segmentów, z rzuconymi na nie gałązkami kwiatów. Ruchliwa, kapryśna linia świeczników, nastrzępiona listkami kwiatów, jest charakterystyczna dla stylu rokoka. Po lewej stronie ołtarza wmurowana jest tablica z czarnego marmuru, informująca w języku łacińskim, że biskup Stanisław Rospond, sufragan krakowski, poświęcił 3 listopada 1940 r. ołtarz i relikwie świętych: Andrzeja Boboli, Tomasza Cantaureńskiego oraz Jana Bożego. Każdy, kto nawiedzi tę świątynię 3 listopada otrzyma 40 dni odpustu wg przepisów prawa kościelnego. Po obu stronach prezbiterium wiszą pseudorokokowe gabloty z wotami. Obecny ołtarz posoborowy został wykonany współcześnie i dopasowany stylem do całości wyposażenia.
Z 3 ćwierci XVIII w. pochodzi ambona, niestety, mocno przerobiona. Na filarach oddzielających prezbiterium od nawy zawieszono współcześnie wykonane herby: bonifratrów (na prawym) oraz Ojca św. Benedykta XVI (na lewym). Na filarze po prawej stronie znajduje się także mała tabliczka z białego marmuru poświęcona pamięci Henryka Łodzia Brodzkiego (1800-1870). Obok zawieszono wizerunek Jezusa Miłosiernego autorstwa Adolfa Hyły z 1947 r. – jest to jedna z wersji sławnego na cały świat obrazu namalowanego przez tegoż artystę dla sanktuarium w Łagiewnikach.
Spójrzmy teraz do góry na sklepienie prezbiterium. Zdobiący go fresk przedstawia Niepokalaną Pannę Marię, opierającą stopę na półksiężycu. W kręgu skłębionych chmur fruwają anioły, z których jeden wznosi nad Jej głowę lilię, symbolizującą czystość i niepokalane poczęcie. Natomiast deptanie półksiężyca podkreślić miało triumf chrześcijaństwa nad islamem. Chmury są oczywiste na niebie, ale warto wiedzieć, że oznaczają one prawdę i piękno, w chmurach objawia się boskość. Z malowidłem tym wiąże się wyobrażenie Boga Ojca i Ducha Świetego na ścianie prezbiterium, dzisiaj niewidoczne, zasłonięte ołtarzem głównym.
Całość obramiona jest girlandą kwiatową, podtrzymywaną przez dwa anioły. W narożnikach zaś umieszczono kartusze z wyobrażeniem czterech ewangelistów. W ich obramienia wpleciono cyfry, tworzące datę „1758", wskazującą na datę wykonania polichromii. Postaci aniołów, widziane od dołu, ukazane są w rozmaitych pozach. Dało to malarzowi możliwość popisania się znajomością perspektywy, z czego sko- rzystał tworząc kompozycję swobodną i lekką. Całość utrzymana jest w jasnej tonacji, jedynie rozwiane szaty aniołów w cieniu przyjmują barwę brązowo-fioletową. Płaszcz Marii natomiast ma żywy niebieski kolor, przypisany Najświętszej Marii Pannie, gdyż oznacza niepokalanie. Odzywa się on jeszcze tu i ówdzie słabszym tonem, bądź przyjmuje odcień seledynowy.
Zwiedzimy teraz kaplice przy ścianie południowej, z prawej strony.
Po prawej stronie prezbiterium znajduje się pomieszczenie z wnęką tworzącą niewielką kaplicę. Ołtarz kamienny ma antepedium polichromowane, z dekoracją roślinną w postaci stylizowanej gałęzi i serca gorejącego. Nastawę tworzy grupa Ukrzyżowania umieszczona na tle malowanych, ciemnych, skłębionych chmur, z tarczą słońca i cienkim sierpem księżyca po obu stronach krzyża. Księżyc symbolizuje śmierć, słońce natomiast – zmartwychwstanie. Figury Ukrzyżowanego, Matki Boskiej Bolesnej i św. Jana Ewangelisty pochodzą z lat 1630-40. Ekspresyjnie rzeźbione ciało Chrystusa pokazuje ogromne cierpienie, wyrażone półprzymkniętymi oczami, otwartymi w jęku ustami, a także podkową przesadnie podkreślonych żeber nad zapadłym brzuchem. Postacie Matki Boskiej i św. Jana są znacznie spokojniejsze. Powściągliwe gesty oraz ułożenie ich szat w drobne, pionowe fałdki, niby kanelowania kolumn, usztywnia je, a pokrycie szat złotem nieco odrealnia. Późnobarokowe tabernakulum z 3 ćwierci XVIII w. ma formę szafki ujętej dekoracyjnymi wolutami, z wygiętym półkoliście gzymsikiem i ornamentem rocaille na szczycie. Drzwiczki dekoruje płaskorzeźba przedstawiająca Chrystusa w Emaus. Tabernakulum to pochodzi z pierwotnego ołtarza głównego. Po obu stronach ołtarza zawieszono obrazy. 
Po stronie przeciwnej Chrystus przed Piłatem, z XVII w. Widzimy na nim umęczonego Chrystusa ze związanymi rękami, z narzuconym na ramiona czerwonym płaszczem. Z tyłu widoczna jest głowa brodatego mężczyzny w egzotycznym turbanie. Na ścianie przed kaplicą zawieszono okazały obraz z 2 poł. XIX w., w bogatej ramie zwieńczonej kartuszem z herbem bonifratrów. Przedstawia on św. Jana Bożego, stojącego przy chorym. 
Ręką wskazuje na Madonnę z Dzieciątkiem, ukazującą się w blasku promieni. Scenie asystują dwaj aniołowie, z których jeden trzyma koronę cierniową, symbol cierpienia. Poniżej obrazu stoją stalle, dekorowane podobnie jak stalle naprzeciwko – imitacją regencyjnej intarsji. Wnęka ma marmoryzowane ściany i polichromię sklepienia, przedstawiającą ramy o nieregularnym kształcie oraz tonda, między którymi zwisają girlandy kwiatów. W środkowej ramie wyobrażono hierogram Chrystusa, adorowany przez dwie grupy aniołków. Natomiast w okrągłych ramach przedstawiono aniołki, które trzymają: jeden kielich z pokrywą, drugi Veraikon.Podobnie jak symetryczne, wcześniej opisywane pomieszczenie po lewej stronie kościoła, także i to jest nakryte owalną kopułą, również polichromowaną. 
Wyobrażono tutaj „Devotio" (Poświęcenie) w postaci siedzącej na chmurze kobiety w antycznej zbroi i hełmie z pióropuszem. Prawą rękę unosi ku niebu ponad Barankiem Apokaliptycznym, który leży na zapieczętowanej siedmioma pieczęciami księdze, spoczywającej na postumencie, lewą zaś obejmuje kolumnę, która jest atrybutem pasyjnym i odnosi się do poświęcenia i ofiary. Nieraz przecież trynitarze szli dobrowolnie w niewolę w zamian za uwolnionych jeńców. Natomiast zapieczętowana na siedem pieczęci księga symbolizuje księgę tajnych planów Boga, księgę Apokalipsy. Zatem działalność ich, wsparta na wierze symbolizowanej przez kolumnę, jest naśladowaniem Chrystusa, którego symbolem jest baranek. W ścianach poniżej sklepienia znajdują się okna, jedno rzeczywiste, drugie zaś malowane iluzjonistycznie. Przejście do dalszych kaplic, podobnie jak po drugiej stronie kościoła, ma z jednej strony wnękę z malowaną muszlą, z drugiej drzwi na kręcone schody, prowadzące do małego pomieszczenia na piętrze, umieszczonego w grubości filara. We wnęce umieszczono także rzeźbę Wojciecha Maciejowskiego, sygnowaną „W.M.", przedstawiającą św. Józefa z Dzieciątkiem. 
Kaplica Świętego Jana Bożego
W nastawie ołtarza umieszczono obraz św. Jana Bożego, z XIX w. Przedstawia świętego w całej postaci, przyklękającego, wpatrzonego w trzymany w ręce krucyfiks. Sfruwający z niebios anioł trzyma nad jego głową koronę cierniową i „półtrzeciakrzyż" – symbol przejścia z pogaństwa na wiarę chrześcijańską oraz walki w obronie wiary. Interesujące jest tło obrazu, święty znajduje się bowiem na brzegu widocznej za nim rzeki. Na jej drugim brzegu widać z prawej strony zamek na wysokim, skalistym wzgórzu, zaś z lewej, w oddali, zamglony kopiec. Architektura zamku jest jakimś odległym echem Wawelu, kopiec natomiast przypomina kopiec Krakusa. Można zatem mniemać, że obraz powstał w jakiejś krakowskiej pracowni. Autor nie usiłował namalować krakowskiego pejzażu, ale niewątpliwie miał go w oczach i stąd jego reminiscencje na obrazie. Ukazanie Jana Bożego od dołu sprawia, że jego tłem są przede wszystkim chmury, oznaczające świętość. Zarazem dodają postaci monumentalności, co podkreśla jego heroizm w wypełnianiu swego posłannictwa. Szaty świętego oraz anioła przykryte są srebrnymi sukienkami z 1 poł. XIX w., zaś wieniec cierniowy i krzyż – złoconymi. W zwieńczeniu ołtarza wyobrażono św. Piotra z kluczami. Na mensie stoi relikwiarz patrona kaplicy, po bokach zaś współczesne świeczniki w kształcie godła bonifratrów.
Kaplica Świętego Kajetana
W nastawie ołtarza umieszczono obraz przedstawiający tego św. Kajetana, z ok. 1758 r., który prawdopodobnie namalował Tadeusz Kuntze, zwany Koniczem (1733-1793), należący do najwybitniejszych malarzy epoki.Według tradycji rozpoczął on działalność jako kuchcik na dworze biskupa krakowskiego Andrzeja Stanisława Kostki Załuskiego. Dostrzegłszy talent chłopca biskup zaopiekował się nim i w roku 1748 wysłał go po nauki do Rzymu, potem także do Paryża. W 1756 r. T. Kuntze wrócił do Krakowa, gdzie na zamówienie biskupa Załuskiego malował obrazy do katedry na Wawelu i wielu kościołów. Niestety, po śmierci mądrego protektora (1758 r.), mimo chęci pozostania w Krakowie, wobec braku większych zamówień, zmuszony był stąd wyjechać w 1760 r. Znalazł się w Hiszpanii, gdzie został nadwornym malarzem królów hiszpańskich, potem w Rzymie, i tam mieszkał już do końca życia. Zyskał rozgłos jako malarz wielkich fresków, a także obrazów rodzajowych. Jego dzieła cechuje świetna, przemyślana kompozycja i subtelny, świetlisty kolor zestawiany w pięknie brzmiące harmonie. Ekspresję postaci buduje ruchem i gestem – wymownym i delikatnym, tworzącym nastrój obrazu. Dzieła Konicza w kościele bonifratrów (św. Kajetan i opisany niżej św. Juda Tadeusz) mają zgoła odmienną formę. Należą one do nurtu nazwanego w malarstwie połowy XVII w. „tenebroso" czyli „ciemnościowego". W obrazach tego kierunku światło refleksami ledwie wydobywa postaci z ciemnego, gęstego tła, podczas, gdy reszta malowidła ginie w nieprzeniknionych ciemnościach. Jest to zupełnie inny sposób malowania, całkowicie odmienny od pastelowej, jasnej sztuki artysty. Może poszukiwał nowej formy wyrazu, może chciał być bliższy miejscowym gustom? Na obrazie widzimy klęczącego Św. Kajetana, modlącego się w ekstazie przed niewielkim krucyfiksem. Na klęczniku leży otwarta księga, dyscyplina i trupia czaszka. Mówią one o pełnym wyrzeczeń dążeniu do świętości, cierpieniu, oraz o znikomości i przemijaniu dóbr doczesnych. Święty ukazany został w chwili modlitwy, kiedy objawia mu się anioł, trzymający wizerunek Madonny z Dzieciątkiem. Święty odwraca ku niemu głowę i jego spojrzenie spotyka się ze wzrokiem pochylającego się, dziewczęcego anioła. Cała scena tonie w gęstym mroku. Nieokreślone, nierealne światło rozjaśnia jedynie głowę i pierś anioła, twarz Kajetana, jego ręce nad książką oraz twarz przyglądającego się zdarzeniu putta. Za jego wzniesionymi ku górze oczami podąża wzrok widza. Dynamika malowidła podkreślona jest ponadto diagonalną kompozycją owych jasnych plam. Dzięki silnemu światłocieniowi najjaśniejsze są uniesione nad książką w modlitewnym geście ręce, o niesamowitych, kościstych palcach oraz twarz świętego. Kontrapunktem dla tych jasnych fragmentów jest ciemny kontur krucyfiksu, przed którym modli się święty. Jedyne barwne plamy to żółć szaty i czerwień płaszcza anioła, blada, różowawa karnacja świętego i biel kart modlitewnika. W zwieńczeniu ołtarza pokazano św. Agnieszkę z barankiem i palmą męczeństwa. Przy filarze na wsporniku umieszczona jest współczesna figura św. Brata Alberta.
Kaplica Świętego Judy Tadeusza
W nastawie ołtarza umieszczony jest obraz św.Judy Tadeusza, malowany ok. 1760 r. prawdopodobnie także przez Tadeusza Kuntze Konicza. Święty ukazany został w nie do końca zdefiniowanej przestrzeni w ciemnej, zielonawej tonacji. W czerwonej szacie i żółtawym płaszczu przerzuconym przez kolana, przysiadł obok stołu, wspierając nogę na głazie służącym jako podnóżek. Na stole leży księga i kartki, na których Apostoł pisze trzymanym w ręku piórem. U jego stóp siedzi aniołek, który trzyma owalny mandylion z wizerunkiem Chrystusa.Przedstawienie to związane jest z następującą legendą: król Abgar V, władca Edessy, zachorował i wysłał do Jezusa poselstwo z prośbą o pomoc. Poseł królewski namalował portret Chrystusa i zawiózł do króla, który, spojrzawszy na oblicze Zbawiciela, natychmiast ozdrowiał. W późniejszych latach Juda Tadeusz ochrzcił Abgara i otrzymał od niego wspomniany wizerunek. Szaty św. Judy Tadeusza, załamujące się dużymi płaszczyznami, malowane są lekko i swobodnie. Wyraźnie słabiej natomiast malowany jest aniołek, być może przemalowany niezbyt udatnie. Tłem obrazu jest nieokreślona, monumentalna architektura ledwie zarysowana w mroku ciemną sylwetką. Obraz ma charakter symboliczny; szlachetna, okolona brodą twarz świętego jest identyczna z twarzą Chrystusa widoczną na mandylionie. W zwieńczeniu ołtarza pokazany jest św. Stanisław, wskrzeszający Piotrowina. Przy filarze na wsporniku ustawiono współczesną figurę Archanioła Rafała.
Doszliśmy do wyjścia, nad którym wznosi się późnobarokowy, wiszący chór muzyczny z 2 połowy XVIII w. Jego wypukło-wklęsły, załamywany parapet ozdobiony jest figurami z 2 połowy XVIII w. króla Dawida grającego na harfie i dwóch aniołów po bokach. Pochodzą one z pierwotnych organów. Król Dawid stoi w kontrapoście, odchylając się lekko do tyłu, jakby zasłuchany we własną grę. Jego ruch podkreśla lekko rozwiany płaszcz. Fałdy szaty i płaszcza układają się w duże płaszczyzny, skontrastowane z harmonijką drobnych fałdów rękawów. Anioły dmące w trąby, wdzięcznie wygięte, są pełne ruchu, jakby zleciały przed chwilą z wysokości, by grać na chwałę bożą. Urozmaiconą, falującą linię chóru uzupełnia dekoracyjny lambrekin z chwostami. Kolorystyka chóru odpowiada kolorystyce nawy: delikatny beż i popielaty kolor płaszczyzn oraz czerwonawa barwa marmoryzacji. Całości dopełniają złocenia rzeźb.
Na koniec spójrzmy jeszcze ku górze, aby podziwiać piękną polichromię nawy kościelnej. Jest to złożona kompozycja. Zgodnie z zasadami iluzjonistycznego malarstwa, widzimy malowaną architekturę, stanowiącą przedłużenie rzeczywistej: ponad zwielokrotnionymi pilastrami nawy znajdują się takie same, ale malowane. W lunetach sklepienia woluty i konchy także są malowane. Tworzą one ramę malowidła – apoteozy działalności trynitarzy, przedstawiającego wykupienie więźniów chrześcijańskich z niewoli muzułmańskiej, czym zajmowali się trynitarze. Scena rozgrywa się na tle monumentalnej architektury, ukazanej jakby w przekroju – od najniżej położonych, ogromnych, sklepionych kazamatów – po najwyższy poziom zwieńczony kolumną, będący niby echem fasady świątyni. Architektura ta jest umowna, ma charakter scenograficzny. Jest to jakby wieża, wznosząca się stopniami ku górze, przywodząc na myśl wieżę Babel. Nie bez powodu, bowiem nowym Babilonem nazywano Rzym, ten zaś kojarzono z męczeństwem chrześcijan. A właśnie o ich męczeństwie opowiada fresk. Stopnie wieży oznaczają etapy rozwoju duchowego i moralnego, zyskanego dzięki cierpieniu, które przypomina symbolicznie kolumna na szczycie wieży. W lochach, do których światło dociera przez zakratowane okienko, ukazując kajdany na ścianie, leży półnagi więzień, przykuty za ręce do ściany. Przy owym nieszczęśniku brodaty zakonnik, wznosi w górę zakute w kajdany dłonie splecione w modlitwie. Ku nim pochyla się kobieta z niemowlęciem przy piersi zawiniętym w chustę. Może jest żoną więźnia, również jak on dźwigającą kajdany? Powyżej rozgrywa się centralna scena fresku. Na wyższym piętrze budowli św. Feliks Walezjusz wykupuje więźnia od siedzących za stołem strażników o wschodnim typie urody, podkreślonym przez nakrycia ich głów: turban i fez. Święty, biorąc pieniądze z podawanej mu przez sługę sakwy, pochyla się nad stołem, wyliczając monety, których stosik zagarnia jeden z wyznawców Allacha, którzy bogacili się na tym procederze, na co wskazują wspaniałe tkaniny, układające się draperiami na miękkich siedzeniach. Na szczycie budowli rozgrywa się scena symboliczna: anioł wręcza św. Janowi de Matha sztandar z godłem zakonu. U jego stóp nisko pochylona, niemal leżąca kobieta wyciąga ręce w kierunku wyłaniających się z dołu mężczyzn, jakby pomagała im wydostać się na górę. Być może jest to scena powitania wyzwolonych z niewoli ojca i syna przez żonę i matkę. Kompozycję zamykają dwa niknące wśród chmur, skłębione w locie aniołki. Owe trzy sceny na jednym malowidle tworzą przemyślaną kompozycję, spiralną linią prowadząc wzrok widza od dołu ku górze, od realnej sceny ku apoteozie działań zakonu. Dramatyzm scen podkreśla żywa gestykulacja postaci a także skróty perspektywiczne, z którymi zresztą malarz nie zawsze dobrze sobie radzi. W polichromii sklepienia przeważa oliwkowo-beżowy kolor malowanej architektury. Stanowi tło dla postaci, które odcinają się barwnymi plamami strojów. Im wyżej, tym kolory są bledsze, różowawe, światło jaśniejsze, przenoszące nas w sferę nierzeczywistą, niebiańską. U samego dołu malowidła, z prawej strony, widać twarz mężczyzny, zaglądającego przez zakratowane okienko. Na jego obramieniu umieszczono inicjały „JP". Jest to zapewne autoportret autora fresków Józefa Piltza i jego monogram. O jego życiu wiemy niezbyt dużo. Urodził się w 1712 r. w Raitz na Morawach, zmarł w 1796 r. w Ołomuńcu. Z miastem tym był związany dłużej, bo przypuszczalnie był malarzem biskupa ołomunieckiego. W 1743 r. namalował freski w tamtejszym kościele jezuitów. Oprócz tego jest autorem fresków znajdujących się w kościołach w Holleschau, Warnsdorf, Weisskirchen. Jego sztuka wykazuje związki z barokiem krajów austriackich, zwłaszcza Czech i Moraw. Cechuje ją dobry rysunek i umiejętność komponowania scen, co w malarstwie ściennym jest bardzo istotne. Na iluzjonistycznie malowanych pilastrach artysta umieścił malowane en grisaille tonda, obramione dekoracją roślinną, a w nich postaci trynitarzy, symbolizujące cnoty, jakimi powinni się odznaczać. Zakonnik z krzyżem na ramieniu i leżącą obok czaszką symbolizuje umartwienie, nieodzowne w spełnianiu redempcji. Trynitarz z łańcuchem na szyi i drwami płonącymi niczym stos, oznacza gotowość do ofiary z własnego życia przez oddanie się w niewolę. Zakonnik trzymający miecz owinięty szkaplerzem symbolizuje zarówno gotowość do przyjęcia śmiertelnych ciosów z rąk muzułmanów jak i wezwanie, by w dziele redempcji nie używać miecza, lecz miłości. Wreszcie czwarty zakonnik, przedstawiony z halabardą, symbolizuje męstwo, jakiego wymaga działalność trynitarzy. Warto podkreślić, że takie przedstawienie cnót trynitarskich jest zupełnie wyjątkowe i nie ma nigdzie w świecie analogii. Dekorację sklepienia uzupełniają malowane en grisaille gurty, pokryte ornamentem wstęgowym i rozetami.
Zakrystia
Święci ukazani zostali zapewne w prezbiterium świątyni, co sugerują stopnie ołtarza i fragment absydy. Ołtarz przesłonięty jest dymem kadzideł, w którego kłębach widać trzy główki uskrzydlonych puttów. Pogrążonym w ekstazie świętym jawi się umieszczone w trójkącie Oko Opatrzności, symbolizujące Trójcę Świętą. Promienie bijące od niego oblewają wszystko niematerialnym, żółtawym światłem tak, że cała scena jest jasna. Jedyne ciemniejsze plamy to brunatne płaszcze świętych. Malowidło sklepienia uzupełnione jest ornamentami wstęgowymi na gurtach oraz polichromią lunet w postaci malowanych iluzjonistycznie płycin z dekoracyjną kratką, w rokokowych obramieniach, ozdobionych bukietami kwiatów. Podobne płyciny, ale bez kratek, zdobią także ściany. Całość utrzymana jest w pastelowych barwach różowych i popielatych z żywymi akcentami kolorowych kwiatów. 
Wyposażenie zakrystii stanowi szafa z komodą z początku XIX w., nad którą umieszczono trzy figurki aniołków z 2 połowy XVIII w. Zajmuje ona całą ścianę pomieszczenia. Na przeciwległej ścianie wisi krucyfiks z 1 połowy XVIII w., z figurą Chrystusa wykonaną z alabastru. W oknie zakrystii umieszczono witraż, przedstawiający godło bonifratrów i napis na banderoli: INSIGNE ORDINIS S. JOANNIS DE DEO. 
Kontakt
Klasztor Bonifratrów
ul. Krakowska 48
31-066 Kraków
tel.012 430 61 22
fax.012 430 55 95
e-mail:
konwent@bonifratrzy.krakow.pl
W DNI POWSZEDNIE :
Od poniedziałku do piątku o godz. 6:30
w soboty o godz. 8:00
(Msza Święta konwentualna z liturgią godzin)
W miesiącach:
maju,
czerwiecu,
październiku
i listopadzie
Euchrystia ok. godz. 18:30 bezpośrednio po nabożeństwach
rozpoczynających się o godz. 18:00
W NIEDZIELE I UROCZYSTOŚCI
9:30
11:30
13:15 (Msza Święta trydencka)
18:30
W KAŻDY PIĄTEK ADORACJA NAJŚWIĘTSZEGO SAKRAMENTU
W kaplicy Szpitala Zakonu Bonifartrów p.w. św. Jana Grandego:
Od poniedziałku do soboty o godz.14:00
W niedziele o godz.10:30
ŹRÓDŁO : KLASZTOR BONIFRATRÓW W KRAKOWIE