Franciszek urodził się 7 kwietnia 1506 r. na zamku Xavier w kraju Basków (Hiszpania). Jego ojciec był doktorem uniwersytetu w Bolonii, prezydentem Rady Królewskiej Navarry. W 1525 r. Franciszek podjął studia teologiczne w Paryżu. Uzyskawszy stopień magistra wykładał w kolegium. Po uzyskaniu stopnia magistra przez jakiś czas wykładał w College Domans-Beauvais, gdzie zapoznał się z bł. Piotrem Favre (1526), zaś w kilka lat potem (1529) ze św. Ignacym Loyolą. Niebawem zamieszkali w jednej celi. Mieli więc dosyć okazji, by się poznać, by przedstawić swoje zamiary i ideały. Równocześnie Franciszek rozpoczął na Sorbonie studia teologiczne w zamiarze poświęcenia się na służbę Bożą. Duszą całej trójki i duchowym wodzem był św. Ignacy. Razem też obmyślili utworzyć pod sztandarem Chrystusa nową rodzinę zakonną, oddaną bez reszty w służbę Kościoła Chrystusowego. Potrzeba nagliła, gdyż właśnie w tym czasie Marcin Luter rozwinął kampanię przeciwko Kościołowi, a obietnicą zagarnięcia majątków kościelnych pozyskał sporą część magnatów niemieckich i innych krajów Europy.
Dnia 15 sierpnia 1534 roku na Montmartre w kaplicy Męczenników wszyscy trzej przyjaciele oraz czterej inni towarzysze złożyli śluby zakonne, poprzedzone ćwiczeniami duchowymi pod kierunkiem św. Ignacego. W dwa lata potem wszyscy udali się do Wenecji, by drogą morską jechać do Ziemi Świętej. W oczekiwaniu na statek usługiwali w przytułkach i szpitalach miasta. Kiedy jednak nadzieja rychłego wyjazdu zbyt się wydłużała, gdyż Turcja wtedy spotęgowała swoją ekspansję na kraje Europy, a w jej ręku była ziemia Chrystusa, wszyscy współzałożyciele Towarzystwa Jezusowego udali się do Rzymu, gdzie św. Franciszek otrzymał święcenia kapłańskie 24 czerwca 1537 roku; miał już 31 lat. W latach 1537-1538 Franciszek apostołował w Bolonii, a potem powrócił do Rzymu, gdzie wraz z towarzyszami oddał się pracy duszpasterskiej oraz charytatywnej. Dnia 3 września papież Paweł III zatwierdził ustnie Towarzystwo Jezusowe, a 27 września tegoż 1540 roku osobną bullą dał ostateczną aprobatę nowemu dziełu, które niebawem miało zadziwić świat, a Kościołowi Bożemu przynieść tak wiele wsparcia.
W tym samym czasie przychodziły do św. Ignacego naglące petycje od króla Portugalii, Jana III, żeby wysłał do niedawno odkrytych Indii swoich kapłanów. Św. Ignacy wybrał grupę kapłanów z Szymonem Rodriguezem na czele. Ten jednak zachorował i musiał zrezygnować z tak dalekiej i męczącej podróży. Wówczas na jego miejsce zgłosił się Franciszek Ksawery. Oferta została przez św. Ignacego przyjęta i Franciszek z małą grupą oddanych sobie towarzyszy opuścił Rzym 15 marca 1540 roku, by go już więcej nie zobaczyć. Udał się zaraz do Lizbony, stolicy Portugalii, aby załatwić wszelkie formalności. Wolny czas w oczekiwaniu na okręt poświęcał posłudze więźniów i chorych oraz głoszeniu słowa Bożego.
W 1547 roku Franciszek zdecydował się na podróż do Japonii. Za tłumacza płatnego służył mu Japończyk Andziro, który znał język portugalski. Był on już ochrzczony i bardzo pragnął, aby Święty także do jego ojczyzny zaniósł światło wiary. Św. Franciszek mógł jednak udać się do Japonii dopiero w dwa lata potem, gdy św. Ignacy przysłał mu więcej kapłanów do pomocy. Dzięki nim założył nawet dwa kolegia jezuickie w Indiach: w Kochin i w Bassein. W kwietniu 1549 roku z portu Goa wyruszył Święty do Japonii. Po 4 miesiącach 15 sierpnia wylądował w Kagoshimie. Tamtejszy książę wyspy przyjął go przychylnie, ale bonzowie stawili tak zaciekły opór, że Święty musiał wyspę opuścić. Udał się przeto na wyspę Miyako, wprost do cesarza w nadziei, że gdy uzyska jego zezwolenie, będzie mógł na szeroką skalę rozwinąć działalność misyjną. Okazało się jednak, że cesarz był wtedy na wojnie z książętami, którzy chcieli pozbawić go tronu. Udał się więc na wyspę Yamaguchi, ubrał się w bogaty strój japoński i ofiarował tamtejszemu władcy bogate dary. Władca Ouchi-Yshitaka przyjął Franciszka z darami chętnie i dał mu zupełną swobodę w apostołowaniu. Stąd udał się Święty na wyspę Kiu-siu, gdzie pomyślnie pokierował akcją misyjną. Łącznie pozyskał dla wiary około 1000 Japończyków. Zostawił przy nich dwóch kapłanów dla rozwijania dalszej pracy, a sam powrócił do Indii (1551). Uporządkował prawy diecezji i parafii. Utworzył nową prowincję zakonną, założył nowicjat zakonu i dom studiów.
Postanowił także trafić do Chin. Daremnie jednak szukał kogoś, kto by chciał z nim jechać. Chińczycy bowiem byli wówczas wrogo nastawieni do Europejczyków, a nawet uwięzili przybyłych tam Portugalczyków. Udało mu się wsiąść na okręt z posłem wice-króla Indii do cesarza Chin. Przybyli do Malakki, ale tu właściciel statku odmówił posłowi i Franciszkowi dalszej jazdy, przelękniony wiadomościami, że może zostać aresztowany. Wtedy Franciszke wynajął dżonkę i dojechał nią aż do wyspy Sancian, w pobliżu Chin. Żaden jednak statek nie chciał jechać dalej w obawie przed ciężkimi karami, łącznie z karą śmierci, jakie czekały za przekroczenie granic Chin. Święty utrudzony podróżą i zabójczym klimatem rozchorował się na wyspie Sancian i w nocy z 2 na 3 grudnia 1552 roku oddał Bogu ducha zaledwie w 46. roku życia. Ciało pozostało nienaruszone rozkładem przez kilka miesięcy, mimo upałów, jak też wilgoci panującej na wyspie. Przewieziono je potem do Goa, do kościoła jezuitów. Tam spoczywa do dnia dzisiejszego w pięknym mauzoleum – ołtarzu. Relikwię ramienia Świętego przesłano do Rzymu, gdzie znajduje się w kościele zakonu di Gesu we wspaniałym ołtarzu św. Franciszka Ksawerego.
Z pism św. Franciszka pozostały jego listy. Są one najpiękniejszym poematem jego życia wewnętrznego, żaru apostolskiego, bezwzględnego oddania sprawie Bożej i zbawienia dusz. Już w roku 1545 ukazały się drukiem w języku francuskim, a w roku 1552 w języku niemieckim. Do chwały błogosławionych wyniósł go papież Paweł V w 1619 roku, a już w trzy lata potem kanonizował Franciszka Ksawerego papież Grzegorz XV w 1622 roku wraz ze świętymi: Ignacym Loyolą, Filipem Nereuszem, Teresą z Avila oraz z Izydorem, rolnikiem. W roku 1910 papież św. Pius X ogłosił św. Franciszka patronem Dzieła Rozkrzewiania Wiary, a w roku 1927 papież Pius XI ogłosił naszego Świętego wraz ze św. Teresą od Dzieciątka Jezus głównym patronem misji katolickich. Jest patronem Indii i Japonii oraz marynarzy. Orędownik w czasie zarazy i burz.
W ikonografii św. Franciszek Ksawery przedstawiany jest w sukni jezuickiej obszytej muszlami lub w komży i stule. Niekiedy otoczony jest gronem tubylców. Jego atrybutami są: gorejące serce, krab, krzyż, laska pielgrzyma, stuła.