Jan urodził się 23 czerwca 1390 r. w Kętach (ok. 30 km od Oświęcimia). W dokumentach podpisywał się najczęściej (znamy 60 jego podpisów) po łacinie jako Jan z Kęt (Johannes de Kanti, Johannes de Kanty, Johannes Kanti i Joannes Canthy). Po ukończeniu szkoły w Kętach, która musiała stać na wysokim poziomie, zapisał się w 1413 r. na Uniwersytet Jagielloński. W roku 1414 w Krakowie przyjął święcenia kapłańskie. W ciągu dalszych lat pilnych studiów jako student i kapłan doszedł w 1415 r. do stopnia bakałarza nauk wyzwolonych, a w 3 lata później – do stopnia magistra filozofii. Objął wówczas funkcję wykładowcy. Stanowisko to było wówczas bezpłatne. Dlatego na swoje utrzymanie Jan zarabiał prywatnymi lekcjami i pomocą duszpasterską jako kapłan.
W roku 1429 zwolniło się miejsce w jednym z kolegiów. Przyjaciele na Akademii Krakowskiej natychmiast zawiadomili o tym Jana i sprowadzili go do Krakowa. Kolegium dawało pewną stabilizację – zapewniało bowiem utrzymanie i mieszkanie. Profesorowie w kolegiach mieszkali razem i wiedli życie na wzór zakonny. W początkach Uniwersytetu tych kolegiów było niewiele i były bardzo szczupłe. Dlatego nie łatwo było w nich o miejsce.
Gdy tylko Jan wrócił do Krakowa, objął wykłady na wydziale filozoficznym. Równocześnie jednak zaczął studiować teologię. Jednocześnie jako profesor wykładał traktaty, które przypadły mu – ówczesnym zwyczajem – przez losowanie. Z nielicznych zapisków wiemy, że komentował logikę, potem fizykę i ekonomię Arystotelesa. Na tym wydziale piastował także urząd dziekański w półroczach zimowych: 1432/1433, 1437/1438 oraz w półroczu letnim 1438. Od roku 1434 sprawował także urząd rektora Kolegium Większego.
W roku 1439 zdobył tytuł bakałarza z teologii. Pod kierunkiem swojego mistrza studiował Pismo święte, potem cztery księgi Piotra Lombarda, wreszcie teologię ścisłą. Co pewien czas trzeba było zdawać egzaminy, brać udział w dysputach, mówić kazania i prowadzić ćwiczenia. Ponieważ Jan był równocześnie profesorem filozofii, dziekanem i rektorem Kolegium Większego, nie dziw, że jego studia teologiczne wydłużyły się aż do 13 lat. Dopiero w roku 1443 uzyskał tytuł magistra teologii, który był wówczas jednoznaczny z doktoratem.
W roku 1439 został kanonikiem i kantorem kapituły św. Floriana w Krakowie oraz proboszczem w Olkuszu. To jednak było zbyt wiele. Po kilku miesiącach zrzekł się kanonii i probostwa w Olkuszu. Sam fakt, że został wybrany na kantora, świadczy, że musiał znać się na muzyce. Urząd ten nakładał bowiem obowiązek opieki nad muzyką i śpiewem liturgicznym.
Po uzyskaniu stopnia magistra (mistrza) teologii w roku 1443 Jan Kanty poświęcił się do końca życia wykładom z tej dziedziny. Pośród tych rozlicznych zajęć Jan znajdował jeszcze czas na przepisywanie manuskryptów. Jego rękopisy liczą łącznie ponad 18 000 stron. Biblioteka Jagiellońska przechowuje je w 15 grubych tomach. Własnoręcznie przepisał 26 kodeksów. Zapewne sprzedawał je nie tyle na swoje utrzymanie, gdyż miał je wystarczające, ile raczej na dzieła miłosierdzia i na pielgrzymki. Jest rzeczą pewną, że w roku 1450 udał się do Rzymu, aby uczestniczyć w roku świętym i uzyskać odpust jubileuszowy. Prawdopodobnie do Rzymu pielgrzymował więcej razy, aby w ten sposób okazać swoje przywiązanie do Kościoła i uzyskać odpusty. Był człowiekiem żywej wiary i głębokiej pobożności. Słynął z wielkiego miłosierdzia. Nie mogąc zaradzić nędzy, wyzbył się nawet własnego odzienia i obuwia.
Pomimo bardzo pracowitego i pokutnego życia, jakie Jan prowadził, dożył 83 lat. Zmarł w Krakowie 24 grudnia 1473 r. Istniało tak powszechne przekonanie o jego świętości, że od razu pochowano go w kościele św. Anny pod amboną. W 1621 r. synod biskupów w Piotrkowie wniósł prośbę do Stolicy Apostolskiej o rozpoczęcie procesu kanonicznego. Prace przygotowawcze rozpoczęto w roku 1628. W roku 1625 napisano życiorys Jana. Dla kanonizacji przygotowano jeszcze jeden żywot, według schematu przysłanego kwestionariusza. Beatyfikacja nastąpiła 27 września 1680 r. Dokonał jej papież bł. Innocenty XI. Kanonizacji – łącznie ze św. Józefem Kalasantym – dokonał Klemens XIII 16 lipca 1767 r.
Kult św. Jana Kantego jest do dnia dzisiejszego żywy. Jest on bowiem czczony przede wszystkim jako patron uczącej się i studiującej młodzieży. Poświęcił jej przecież prawie całe swoje życie, aż 55 lat profesury. Jest także patronem Polski, archidiecezji krakowskiej i Krakowa; profesorów, szkół katolickich i „Caritasu”.
W ikonografii św. Jan przedstawiany jest w todze profesorskiej. Często w ręku ma krzyż. Bywa ukazywany w otoczeniu studentów lub ubogich. Jego atrybutami są: scalony dzbanek, obuwie, które daje ubogiemu, pieniądze wręczane zbójcom, różaniec.
