
Właśnie w tym czasie jezuici otwarli w Kolumbii misję. Nakazano mu przerwać studia i jechać tam do pracy wśród niewolników murzyńskich, których wówczas masowo zwożono z Afryki w charakterze niewolników – darmowej, najtańszej siły roboczej. Przewożeni w najprymitywniejszych warunkach często nieszczęśliwi nie wytrzymywali długiej podróży. Wtedy bezceremonialnie wyrzucano ich na pożarcie rekinom, które gromadami towarzyszyły tragicznym konwojom. Epidemie niemniej licznie dziesiątkowały ofiary barbarzyństwa. Nie znano bowiem współczesnych środków sanitarnych, zresztą uważano je za rzecz zbędną. Sumienie uspokajano naiwnym twierdzeniem, że Murzyni nie są ludźmi i nie mają duszy.
Wstrząśnięty niedolą i krzywdą czarnych braci oddał się im w posługę, stał się niewolnikiem niewolników. Swoim bezgranicznym poświęceniem chciał chociaż w małej części wynagrodzić im krzywdę. Na kartce formuły ślubów zakonnych Piotr dopisał znamienne słowa: Piotr Klawer, sługa Etiopczyków. Tak wówczas nazywano Murzynów. Święcenia kapłańskie otrzymał w 1616 r. w Kartagenie. Jako kapłan mógł służyć Murzynom wszechstronną pomocą duchową i materialną: starał się dla spragnionych o orzeźwiający napój, dla wygłodniałych o posiłek, dla nagich o jakiś ubiór, dla chorych o lekarstwa. Energicznie interweniował tak u osób prywatnych, jak i u władz, by ulżyć niedoli niewolników. Osobnym ślubem zobowiązał się im służyć. Jego bezgraniczne miłosierdzie otwierało mu ich serca. Miał pozyskać dla wiary i ochrzcić własnoręcznie kilkadziesiąt tysięcy Murzynów.
Siły do ponad czterdziestoletniej posługi Piotr Klawer znajdował w rozważaniu Męki Pańskiej, w codziennej Mszy świętej i w serdecznym nabożeństwie do Bożej Matki. Odszedł po nagrodę do nieba 8 września 1654 r. Na beatyfikację musiał czekać wyjątkowo długo, bo blisko 200 lat. Pius IX w roku 1851 wyniósł go do szeregu błogosławionych, a Leon XIII zaliczył go do grona świętych w roku 1888. Ten sam papież ogłosił św. Piotra Klawera patronem misji wśród Murzynów (1896). Dwa lata przedtem Polka, bł. Maria Teresa Ledóchowska (+ 1922), założyła Stowarzyszenie św. Piotra Klawera dla Misji Afrykańskiej, które niebawem przeobraziło się w nową rodzinę zakonną, zatwierdzoną przez Stolicę Apostolską w roku 1910. Istnieją ponadto jeszcze dwa inne zgromadzenia zakonne, które obrały sobie św. Piotra Klawera za szczególnego patrona. Są to Siostry Piotra Klawera w Kolumbii i w Italii.